薄切片可提高颜料、探针和抗体的可及性，且和降低不同细胞层空间叠加造成的影响。对于光学显微镜，石蜡是常用的硬质切割材料。切片后，石蜡组织切片可有多种用途，如免疫组织化学染色，和用以研究基因表达、蛋白表达，DNA突变等研究的原位杂交实验。

苏木素（Hematoxylin）-伊红（Eosin）染色法，简称HE染色法。苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色；伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。HE染色提供良好的核浆对比染色，是细胞化学染色常用的一种方法。

酶联免疫吸附测定enzyme linked immunosorbent assay（ELISA）指将可溶性的抗原或抗体结合到聚苯乙烯等固相载体上，利用抗原抗体结合专一性进行免疫反应的定性和定量检测方法。分为夹心法，间接法和竞争法三种。

含荧光蛋白的载体可作为转染标记来转染细胞，以进行活细胞标记。其不含MCS。在这些载体中，荧光蛋白可以持续表达，并且可以被荧光显微镜或流式细胞检测到，因此可以提供可观的转染/共转染或移植实验后对细胞的监控的证据。

FISH（fluorescence in situ hybridization）技术是一种重要的非放射性原位杂交技术。基本原理：如果被检测的染色体或DNA纤维切片上的靶DNA与所用的核酸探针是同源互补的，二者经变性-退火-复性，即可形成靶DNA与核酸探针的杂交体。

原位杂交（In situ hybridization）是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精确定量定位的过程。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。根据所用探针和靶核酸的不同，原位杂交可分为DNA-DNA杂交，DNA-RNA杂交和RNA-RNA杂交三类。按其作用方式分为固相杂交和液相杂交。